Keçi südündə olan əsas zülallar inək südü zülalları ilə demək olar ki, eynidir. Keçi südünün tərkibində inək südündən daha çox protein olmayan azot və daha az kazein azotu var. Bu vəziyyət keçi südündən alınan qatıqların strukturunun/teksturasının zəif olmasına və pendir məhsuldarlığının aşağı olmasına səbəb olur. Ümumiyyətlə, keçi südündə daha az kazein və daha yüksək serum proteini var. Bu, keçi südü zülallarının inək südü zülallarından daha çox həzm olunduğunu izah edir. Bundan əlavə, on əsas amin turşusundan altısının inək südü ilə müqayisədə keçi südü zülal fraksiyalarında daha yüksək nisbətdə olduğu bildirilmişdir.

 Foodinfo.az xəbər verir ki, inək südünün allergen maddələrini müəyyən etmək üçün çoxlu araşdırmalar aparılmışdır. Nəticədə 2 əsas allergen müəyyən edilmişdir: kazein və laktoglobulin. Bundan əlavə, bir çox digər süd zülalları antigenikdir və immun reaksiyalara səbəb ola bilər. Keçi südü inək südündən tərkibinə və allergik xüsusiyyətlərinə görə fərqlənir. Keçi südünün tərkibində az miqdarda αs1-kazein vardır ki, bu da allergik təsir göstərir. Daha az laxtalanma gərginliyi və keçi südü zülallarının fərqli tərkibi səbəbindən xüsusilə körpələrin keçi südünü daha yaxşı həzm edə bildiyi düşünülür. Bundan əlavə, inək südü allergiyası olan uşaqlarda inək südü əvəzinə keçi südünün istifadə oluna biləcəyi bildirilmişdir.

Keçi südünün tərkibindəki laktoza inək südündən təxminən 0,2-0,5% azdır. Mineral tərkibi ana südündən xeyli yüksəkdir. 100 q keçi südünün tərkibində təxminən 130 mq kalsium və 120 mq fosfor var. İnsan südünün tərkibində bu iki vacib mineralın yalnız 1/4 və 1/8-i var. Lakin keçi südü natrium, dəmir, kükürd və sink baxımından inək südündən daha kasıbdır. Bu səbəbdən körpə qidalanmasında birbaşa proses tətbiqindən istifadə edilməsi məqsədəuyğun hesab edilmir.

Keçi südündə A vitamininin miqdarı inək südündən daha çoxdur. Keçi südü çox miqdarda tiamin, riboflavin və pantotenik turşuya malikdir, həmçinin körpə üçün kifayət qədər miqdarda A vitamini və niasin təmin edir. İnək südü ilə müqayisədə keçi südü fol turşusu və B12 vitamini baxımından qeyri-kafidir. 

Keçi südü yağında inək südündən daha çox qısa və orta zəncirli yağ turşuları var. 

İnək südü ilə müqayisədə keçi südünün tərkibində daha az allergen maddəsi olduğu və yağ turşularının daha asan həzm edildiyi üçün mədə üçün faydalı olduğu bildirilir. Ancaq xüsusilə süd allergiyasında aparılan araşdırmalara görə, keçi südündə çarpaz çirklənmə nəticəsində allergen maddələr müşahidə edildiyi üçün keçi südünün adekvat alternativ ola bilməyəcəyi ifadə edilmişdir.